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棉花枯萎病属系统侵染的维管束病害，至今尚缺乏有效药剂，一旦发生，难于根除。必须米取以种植抗病品种和加强栽培管理为主的综合防治措施。
1.保护无病区
目前我国无病区的面积仍然较大，因此，应控制病区棉种向无病区大引大调。必须引种时，应消毒处理（种子经硫酸脱绒后，再在80%402抗菌剂55～60℃药液中浸0.5h，或用有效成分0.3%的多菌灵胶悬剂在常温下浸泡毛籽14h），经过2～3年试种、鉴定和繁殖，再大面积推广。同时要严防随调种将致病力更强的菌株引到新区。要建立无病留种田，选留无病棉种。
2.种植抗病品种
种植抗病品种是防治棉花枯萎病最经济、有效的措施。20世纪60年代我国育成以陕401为代表的13个抗病品种，到1977年推广面积达16.7万hm2，使枯萎病在重病区的危害得到缓解。20世纪70年代育成了以86-1为代表的29个抗病品种，到1986年全国种植面积约100万hm2，使棉花枯萎病在重病区的危害初步得到控制。80年代育成以中棉所12为代表的48个抗枯耐黄品种，到1990年全国推广面积120万hm2，由此我国南北棉区的枯萎病基本得到控制。90年代后，我国南北棉区育成的品种基本上都是抗枯萎病的，如中棉所24、27、35、36，豫棉19、百棉2号等，新疆也育出新陆早9号、10号等，对控制枯萎病的发生都发挥了重要作用。在选育和推广抗病品种时应注意以下几点：抗病品种并非完全不带菌，有些品种生长期外部症状不明显，但剖秆检查，发病率和病情指数都较高。这类病株对产量的影响有待继续调查，但种子带菌不可忽视。目前在新疆棉区发现，有些抗病品种在无病区或轻病区种植后，再种当地感病品种，发病常有明显加重，甚至成片死亡的现象。抗病品种应采取措施，不断提纯复壮，同时与优良的栽培措施相结合，即良种良法配套，这样才能使抗病性得到充分发挥。目前不少抗病品种引到新区后，其抗病性在短短几年中很快丧失，究其原因，除与当地病原数量大、致病性较强有关外，也与品种抗病性的稳定性及机械混杂等有关。密切注意生理小种的分布、消长和变异，及时为抗病育种提供依据。
3.轮作倒茬
在重病田采取玉米、小麦、大麦、高粱、油菜等与棉花轮作3～4年，对减轻病害有明显作用，实行稻棉水旱轮作或苜蓿与棉花轮作以及种植绿肥等效果更佳。
4.加强栽培管理
棉田增施底肥和磷、钾肥，适期播种，合理密植，及时定苗，拔除病苗，在棉苗2～3片真叶时喷施可信恶甲水剂有利于棉苗生长发育，可提高抗病力。在病田定苗、整枝时及时将病株清除，田外深埋，施用热榨处理的棉饼和无菌土杂肥，均具有减轻发病的作用。在棉花育苗移栽地区用可信恶甲水剂或粉剂做床土消毒，可明显减轻枯萎病的危害。发病初期用可信恶甲水剂或粉剂、可信菌克喷雾，或可信菌敌、可信恶甲水剂灌根处理，能收到明显的效果。
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